Aunque es raro que se de la ocasión de crear un sitio en php puro, pero si alguna vez se topan con este escenario y requieren eliminar la extensión .php de todas las páginas de su sitio, lo pueden hacer muy fácil agregando esto en el archivo .htaccess del root del sitio o configuración del dominio
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}\.php -f
RewriteRule ^(.*)$ $1.php [NC,L]